Alle nye henviste pasienter under 18 år, eller de som er under 18 år og allerede er under utredning og/eller behandling på NBTK, er fra 15. mai 2017 organisatorisk plassert i «Teamet for kjønnsidentitetsutredninger av barn og unge (KID-Teamet)» på Barne- og ungdomsklinikken under Avdeling for barn og unges psykiske helse på sykehus (S-BUP).

I Norge er det NBTK som er tillagt ansvar for å drive pasientbehandling for diagnosen Kjønnsinkongruens. I henhold til «Veileder for Nasjonale tjenester i spesialisthelsetjenesten (jan 2017)» fremkommer det at bare de helseforetak som er tillagt ansvar for en nasjonal eller flerregional behandlingstjeneste skal drive høyspesialisert pasientbehandling innenfor det fagområdet som tjenesten er godkjent for. Alle andre sykehus og helseforetak forpliktes å henvise pasienter til dette behandlingstilbudet den nasjonale behandlingstjenesten er tillagt ansvar for.

I tråd med dette omfatter tjenestene diagnoser innen disse ICD10 kodene: Z-76.80, kjønnsinkongruens i ungdom og voksen alder  og Z-76.89 (uspesifisert kjønnsinkongruens).